神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度(dù )约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就(jiù )将在此结束。　　在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对(duì )“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以(yǐ )及防备SEELE 对初号机与二(èr )号机的物理接触。　　出于对碇元度(dù )的憎恨，赤木律子接(jiē )受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与(yǔ )SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止(zhǐ )人类“最终的悲(bēi )剧(jù )”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。